Saifullah Yusuf menempuh pendidikan tingginya di Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, Universitas Nasional, Jakarta, dimulai pada tahun 1985. Selama masa perkuliahannya, ia tidak hanya fokus pada studi akademis, tetapi juga terlibat aktif dalam berbagai Organisasi Ekstra Kampus. Kiprahnya dalam dunia organisasi kemahasiswaan mencapai puncaknya ketika ia terpilih sebagai Ketua Umum Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) Cabang Jakarta, posisi yang dipegangnya dari tahun 1990 hingga 1992.
Bersamaan dengan itu, kepercayaan terhadap kapasitas kepemimpinannya semakin terlihat ketika ia juga diangkat sebagai Ketua Pimpinan Pusat Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama (IPNU) untuk periode 1990-1995. Peran gandanya dalam dua organisasi besar ini menunjukkan kemampuannya dalam mengelola tanggung jawab dan membangun jaringan yang luas di kalangan pemuda Muslim.
Setelah menyelesaikan masa kepemimpinannya di IPNU, Saifullah Yusuf tidak berhenti sampai di situ. Ia melanjutkan dedikasi dan kontribusinya dalam pengembangan kepemudaan dengan bergabung dan membangun karirnya di Gerakan Pemuda Ansor, organisasi kepemudaan di bawah naungan Nahdlatul Ulama yang lebih besar. Di sinilah ia semakin mengasah kemampuan kepemimpinan dan memperluas pengaruhnya dalam dunia organisasi kepemudaan Islam di Indonesia.