Pondok pesantren Al Munawwir didirikan ketika KH. Muhammad Munawwir bin Abdullah Rosyad kembali ke Tanah Air setelah belajar di Makkah dan Madinah selama 21 tahun. Selama tinggal di kedua kota suci itu, beliau mendapatkan ijazah untuk mengajar tahfiz Al-Qur’an dan mempelajari ilmu Al-Qur’an, tafsir, dan qiraat sab’ah dari beberapa guru.
Menurut laman lajnah.kemenag.go.id, KH M Munawwir adalah alim Jawa pertama yang berhasil menguasai qiraat sab’ah. Setelah 21 tahun belajar agama, beliau kembali ke Tanah Air dan aktif mengadakan pengajian agama di Kauman, Yogyakarta. Di rumah orangtuanya, beliau membuka pengajian kitab khususnya Al-Qur’an, sesuai dengan disiplin ilmu yang diperolehnya di Tanah Suci.
Kemudian, pengajian di Kauman dianggap kurang efektif karena ruangannya yang sempit. Atas saran KH Sa’id dari Gedongan, Cirebon, KH M Munawwir memilih dusun Krapyak di luar benteng Keraton sebagai lokasi berdirinya pondok pesantren Yogyakarta ini.
Pada awal berdirinya pondok pesantren Al Munawwir, KH. M. Munawwir lebih fokus pada pendidikan Al-Qur’an karena keahliannya dalam bidang ini. Namun, pendidikan lain seperti kitab kuning tetap diadakan sebagai pelengkap. Materi dan metode pengajaran langsung dipimpin oleh KH. Muhammad Munawwir. Materi yang diajarkan kepada santri terbagi menjadi dua jenis, yaitu santri yang membaca mushaf (bin nadzor) dan santri yang menghafal mushaf (bil ghoib).
Dalam metodenya, KH. Muhammad Munawwir menggunakan metode mushafahah, di mana santri membaca Al-Qur’an satu per satu di depan beliau. Jika ada kesalahan, beliau langsung memperbaikinya dan santri langsung mengikuti.